Égypte, en l’an 70 avant notre ère. Un impitoyable assassin sévit. Sa mission : trouver et tuer les derniers membres d’un ordre ancien, les Medjaÿ, et mettre un terme définitif à la lignée. Dans la paisible Siwa, le départ précipité du protecteur local laisse son jeune fils, Bayek, avec des questions sans réponse concernant son propre avenir et le sentiment qu’il a un devoir à accomplir. Bayek part à son tour en quête de réponses. Son périple le conduit sur les rives du Nil, à la découverte d’une Égypte en ébullition. Il emprunte sans le savoir la voie des Medjaÿ, une voie périlleuse et truffée de mystères…